O Conselho Curador da FEMA é órgão soberano e deliberativo. Possui representantes de 16 entidades, sendo que três são representadas por Membros Natos: Dirigente Regional de Ensino de Assis, Prefeito Municipal de Assis e Secretário Municipal de Ensino. As demais entidades têm dois membros como representantes, sendo um Titular e outro Suplente: Associação Comercial e Industrial de Assis (ACIA), Associação dos Engenheiros, Arquitetos e Agrônomos de Assis e Região, Associação Paulista de Medicina (APM), Associação Paulista dos Cirurgiões Dentistas (APCD), Comunidade Geral, Corpo Discente do IMESA, Corpo Docente do IMESA, Entidades Representativas do Magistério de Assis, Faculdade de Ciências e Letras – Unesp – Campus de Assis, Funcionários da FEMA, Ordem dos Advogados do Brasil (OAB) – Secção de São Paulo – 27ª Subseção – Assis – SP, Prefeitura Municipal de Assis e Sindicatos dos Trabalhadores de Assis.